约翰斯·霍普金斯大学医学院（JHU Medicine）作为美国卫生部投资最多的单位，其开展了几乎所有基础科学及医学方面的研究和创新工作。霍普金斯被公认为在医疗、科研及教学方面处于世界领先地位。它拥有卓越的医学科研人员、医生、护士、技师、各种临床专科的专家、志愿者等2万5千余人。此外，它还拥有一所医学院、三所附属医院，和一些为本地、国内以及国外病人服务的延伸项目。

约翰·霍普金斯大学布隆伯格公共卫生学院（Bloomberg），1916年由洛克菲勒基金会出资建立。最初名为“公共健康与卫生学院”。2001年为表彰资助者、校友迈克尔·布隆伯格而改今名。布隆伯格学院是全世界公共卫生与健康科学、政策和管理领域规模最大、历史最悠久的高等学府，在美国政府及世界卫生组织拥有重大影响力。

布隆伯格学院素有公共卫生领域的哈佛商学院之称，其旗舰项目公共卫生管理硕士可与任何医疗健康管理方向的顶尖MBA媲美。学院每年的经费投入高达三亿美元以上，超过全美前20所公共卫生学院其余19所开支的总和，研究项目遍布全球160多个国家和地区。

约翰斯·霍普金斯大学护理学院位于巴尔的摩，是全球公认的护理教育、研究和实践领导者。在《美国新闻与世界报道》排名中，该校的硕士课程曾在全国排名第一，在 DNP 课程和在线 MSN 医疗保健组织领导选项方面排名第二。护理学院曾在 2020 财年的护理学院中，美国国立卫生研究院 (NIH) 总资助排名第一。此外，学校被 QS 世界大学评为全球第三大护理学院。

约翰斯·霍普金斯大学克里格艺术与科学学院（Krieger）提供全面的本科和研究生教育，是一所专注于人文，社会科学和自然科学的大学部门，处于霍普金斯院系综合体的核心。在大学成立的135年后，艺术与科学学院仍然遵循约翰斯·霍普金斯大学富有远见的第一任校长丹尼尔·科特·吉尔曼（Daniel Coit Gilman）的指导原则，将学院置于研究知识的最前沿。

约翰斯·霍普金斯大学怀廷工程学院（Whiting School of Engineering）起步于1913年，于1919年作为独立学院创建，至1937年时，已经培养了超过1,000名拥有工程学位的学生。怀廷学院的许多院系在美国都受到广泛认可，包括常年处于全美顶尖排名的生物医学工程系及环境与环境卫生工程系。怀廷学院机械工程系以其在力学及流体动力学领域中的根本性及历史性的贡献为人所知。一大批杰出的科学家都在此工作过，其中包括北京大学工学院院长陈十一等。许多流体力学领域里程碑式的论文（尤其是湍流研究）都是在Corrsin风洞实验室中完成的，该风洞直到今天还在运行。

约翰斯·霍普金斯大学保罗·尼采高级国际研究学院（SAIS），总部设在美国首都华盛顿特区，并在意大利博洛尼亚，和中国南京（中美文化研究中心）有分校区，是世界公认的顶级国际关系研究生院之一，专门从事国际事务、政治、经济、金融、外交、政策和教育等领域的研究，是美国政府、及全美各大国际机构最大的人才输送基地。尼采学院也是政治辩论的主要中心，曾担任多个重要的政治学家和经济学家的基地，包括政治经济学者弗朗西斯·福山，前国家安全顾问兹比格涅夫·布热津斯基，前美国国务院顾问艾略特科恩等。

JHU教育学院（School of Education，简称SOE），其历史可追溯至1909年的教师培训学院，于2007年正式成为教育学院。教育学院位于巴尔的摩霍姆伍德校区，学院成立以后迅速成为了全美教育改革的领先院校。学院的教学宗旨是更好地解决教育界所存在的政策和实践方面的问题，以及个人、学校和社区所面临的重要挑战。

此外，JHU教育学院已经过全美教师教育认证委员会（NCATE）和咨询及相关教育项目认证委员会、中等国家高等教育委员会和马里兰州教育部的认证。2018年，教育学院推出国际教育人才培养项目——International Teaching and Global Leadership Cohort国际教学和全球领导力（简称ITGL）。共有六个研究方向：英语教学TEFL，数字时代教学Learning Technology，STEM 教育，创新教育，教育创业，幼儿教育。

约翰斯·霍普金斯大学凯瑞商学院（Carey）的前身为1909年创立的商业与教育专业研究学院（SPSBE），是全美最早开设商业研究生教育的机构之一。2010年迁入巴尔的摩美盛集团总部，并在华盛顿特区和马里兰州哥伦比亚市设有教学区。一反传统商学院集中的专业方向如战略、金融和市场营销等，学生可以在4个额外平行领域（健康、生命科学、能源、环境）选择方向，拓宽知识面并提升整体竞争力。

约翰斯·霍普金斯大学皮博迪音乐学院（Peabody）始建于1857年，是美国第一个也是最负盛名的音乐学院之一，1977年并入约翰斯·霍普金斯大学。该院集中力量培训各个年龄及教育程度的音乐家，调动并挖掘音乐潜力，使他们得到艺术上的提升。皮博迪音乐学院因此也成为马里兰州文化艺术生活的领导者。在教师的辛勤耕耘下，学院人才辈出，声誉卓著，成为与茱莉亚音乐学院和伊斯曼音乐学院齐名的美国三大音乐学院之一。